分泌物衣原體檢測最好到正規的醫院去進行檢測。如果這時衣原體檢測結果是陰性，一般對檢測結果的解讀是病人不存在由衣原體引起的相關性感染，但必須提醒的是衣原體檢測陰性也不能完全排除有衣原體感染的可能。比如患者在檢測前已使用紅霉素全身治療沙眼衣原體引起的新生兒眼炎，這種情況可以影響檢測結果。因此如果衣原體檢測結果是陰性，臨床一般會結合病人的病情，臨床診斷以及影像學的檢測結果進行綜合考慮。在這種情況下，如果病人使用抗生素，臨床醫生會提示病人在使用抗生素后，停止抗生素1周或以上再進行衣原體檢測。