功能性胃腸病能不能治好，取決于評判的標準。功能性胃腸病與器質性胃腸病的區別在于是否存在器質性改變，胃潰瘍患者通過正規服藥可使疾病痊愈，而功能性胃腸病的檢查指標均正常，所以應將判斷標準設定為癥狀是否能夠得到改善。功能性胃腸病患者通常可通過藥物治療改善癥狀，甚至部分患者在停藥后也可以維持一段時間。功能性胃腸病可能由多種原因引起，可能存在社會及精神因素，所以無法保證不會由于情緒波動導致功能性胃腸病癥狀復發。因此，對于功能性胃腸病的治療，主要目的是改善癥狀、提高生活質量。對于癥狀反復則無需過于緊張，并不會對身體造成實質性傷害。