功能性胃腸病的治療需遵循綜合治療、個體化治療的原則，常見如下：1、保持良好心態：患者需保持良好心態，調整情緒，避免過度緊張、焦慮等不良情緒對疾病造成影響，同時注意改善睡眠；2、養成良好生活習慣：應攝入清淡、易消化的食物，避免每餐進食過飽，在餐后不宜立刻劇烈活動或久坐、躺臥；3、鍛煉身體：患者需加強鍛煉以增強身體素質，每天適當運動30分鐘左右，可進行有氧運動以保持活力；4、藥物治療：若癥狀未見好轉，患者可以使用藥物進行對癥治療，如動力障礙的患者需應用促動力藥，腹瀉、腹部不適的患者可以應用微生態制劑。若患者出現焦慮或抑郁，可以給予神經遞質調節藥以改善相關癥狀，還可以應用調節睡眠的藥物以改善睡眠欠佳癥狀，控制疾病。