腦梗死的二級預防又稱臨床前期的預防。二級預防的目標人群是發生過一次或多次腦卒中的患者，針對其發病的病因來控制可干預的危險因素，以此預防和降低卒中的再發風險。二級預防主要是通過早期發現、早期診斷，防止疾病在臨床前期或臨床初期的惡化，而二級預防的規范治療是能夠顯著降低卒中的復發風險。腦梗死的二級預防的藥物選擇常根據其病因分析。若患者為大動脈粥樣硬化型，需使用抗血小板藥物，如阿司匹林、氯吡格雷。若患者為心源性腦栓塞型，則需使用抗凝藥物，如華法林、新型的達比加群、利伐沙班等。另外，較多動脈粥樣硬化的患者需使用調脂藥物，如他汀類的藥物，以此來穩定動脈斑塊。如果患者合并有高血壓、糖尿病，則需使用降壓藥、降糖藥。二級預防的藥物需堅持用藥，提高用藥的依從性，以此降低卒中復發的風險。