心源性腦栓塞最常見的病因是慢性心房纖顫，老年人由冠心病引起心律失常、房顫，心房的收縮力度下降，不能把血液順暢排出，就會在心房的內壁形成血栓，血栓脫落，形成腦栓塞；再有就是風濕性心臟瓣膜病、心內膜炎導致心臟贅生物及附壁血栓脫落是導致栓子主要的來源；心肌梗塞、心房黏液瘤、心臟手術，比如瓣膜置換、心臟移植、心臟導管、二尖瓣脫垂和鈣化及先天性心臟病，比如房間隔、室間隔缺損以后，靜脈的栓子流入動脈，都可以成為腦栓塞的栓子來源。最常見的病因還是房顫，大多數見于老年人，近年來，人們也越來越重視年輕人的卵圓孔未閉、房間隔缺損、室間隔缺損引起的腦栓塞。