糞菌移植最主要的治療適應癥是針對復發性的艱難梭菌感染。早在1958年的時候，在西方國家美國的一個外科醫生就將糞菌移植應用于偽膜性腸炎的治療，并且取得比較好的療效。在2013年的時候，在新英格蘭雜志上面發表了一篇關于糞菌移植治療復發性艱難梭菌感染的臨床研究，其中治愈率高達93.8%。所以在2013年的時候，糞菌移植作為一種治療手段寫入美國醫學指南，隨著糞菌移植臨床研究的不斷增多，糞菌移植現在應用的適應癥的范圍也是不斷增加，包括現在可以用于炎癥性腸病，譬如潰瘍性結腸炎、克羅恩病、腸易激綜合征、抗生素相關性腹瀉，以及一些代謝綜合征，比如重度肥胖、脂肪肝等疾病的治療。