從近期不良反應來看，糞菌移植相對比較安全，一般情況下有些病人做完之后有可能會出現(xiàn)一過性發(fā)熱、腹痛、腹瀉等，但是這些癥狀一般情況下在24小時之內(nèi)可以自行緩解，并不需要特別的醫(yī)學措施干預。 但是從長期的、遠期的不良反應來看，因為糞菌移植也是這五年新興的一項技術，所以暫時國內(nèi)外還沒有長期的統(tǒng)計學數(shù)據(jù)，特別是針對十年以上的長期不良反應，暫時沒有這方面數(shù)據(jù)。