糞菌移植是近年開展的一種治療手段，目前沒有經過倫理學和相關認證，處于實驗性治療階段。糞菌移植是將正常人糞便中的功能菌群移植到異常病癥的患者體內，改變微生態循環狀態和免疫功能狀態，消除以炎癥性腸病為主的疾病，在臨床實踐中得到驗證。糞菌移植適應癥有以下幾種：1、炎癥性腸病：常見的適應癥，包括潰瘍性結腸炎、克羅恩病，尤其是嚴重的潰瘍性結腸炎或克羅恩病，在糞菌移植，癥狀得以較大緩解；2、自閉癥：應用糞菌移植后，可能改變免疫狀態，甚至思維情緒狀態，使患有自閉癥的病人得到緩解。糞菌移植需更長時間觀察，才能得出結論。