一般情況下做完糞菌移植之后1-2個禮拜左右，患者的癥狀可以得到一定改善，但是也有個別病人比較特殊，做完一個月以后才開始出現癥狀緩解，估計跟菌群在患者體內定植的時間以及定植程度有關系。 一般情況下糞菌移植的療效有部分病人可以持續的時間比較長，但是有相當一部分病人3-6個月之后有可能要重新做第二次。主要是因為每個人體內都有自身的內環境，糞菌移植把供體健康菌群體系移植過去之后，在短期內可以定植成功，但是在患者自身內環境的影響之下，有可能3-6個月之后，有些細菌成分會慢慢消失。