肛周膿腫與肛周囊腫，兩個病很難予以進行比較，均有較輕、較嚴重情況，兩者具體情況如下：1、肛周膿腫：有不同類型，較輕的皮下膿腫，予以切開引流即可，嚴重肛周膿腫，高位肛周膿腫如骨盆膿腫、肛提肌上膿腫，可能反復治療依然反復復發，對患者生命質量造成嚴重影響；2、肛周囊腫：臨床上并沒有肛周囊腫的說法，可能包含很多類型疾病，比如肛周皮脂腺囊腫，不能跟肛周膿腫比較，皮脂腺囊腫予以切除，是門診小手術，比較輕。如果是囊性包塊、囊性占位病變，若為惡性則相當嚴重。還有一種位置比較深的囊腫，肛周的骶前囊腫，發作起來跟肛周膿腫相似，較多肛周膿腫病人反復復發，就可能是骶前囊腫所致。骶前囊腫位于脊柱前方，位置深在，如果需要手術則是大手術，需要對骶尾部繞過骶骨的切口，予以囊腫切除。因此，很難用簡單的一句話概括肛周膿腫或者(和)肛周囊腫哪個病更嚴重，兩類類型的疾病，都有非常嚴重的這種情況，也有比較簡單的情況。