肛周囊腫屬于較少見的肛周疾病，一旦發現建議手術治療。因為囊腫性質不確定，不能明確具體屬于哪種囊腫，而且囊腫可能會出現肛門不適感，有時經常會摩擦囊腫，引起不適感，所以建議手術治療，但并非需要馬上做手術，可以擇期手術。很多患者會將肛周囊腫與肛周膿腫混淆，肛周膿腫是常見的肛周疾病，很多患者患有的是肛周膿腫，并不是肛周囊腫，在門診上可以見到很多患者誤認為是肛周囊腫。而肛周膿腫如果有疼痛、皮膚溫度升高，則是以手術治療為主。