胃腸外科主要針對胃腸道需要手術治療的病變，包括常見的胃腸道腫瘤，如胃癌、結腸癌，或者其他的惡性或者良性腫瘤，如間質瘤、平滑肌瘤，可能只要需要手術治療的都需要胃腸外科進行治療。另外現在針對部分良性疾病，胃腸外科也可以進行治療，比如減重手術，也在胃腸外科進行，胃食管反流需要進行抗反流手術，也是在胃腸外科進行手術。所以主要針對胃腸道，只要需要外科進行治療，需要進行手術治療的疾病，都是在胃腸外科進行治療。胃腸外科除了管胃和大腸以外，小腸也都屬于胃腸外科治療的范疇，小腸疾病相對比較少見，如間質瘤、小腸惡性腫瘤，還有部分需要治療的疾病，如梅克爾憩室等都需要胃腸外科進行診治。胃腸外科和內科的主要區別在于胃腸外科主要是開腹或者腹腔鏡下進行手術，內科主要是在藥物治療，或者是進行內鏡下的手術治療，這就是胃腸外科和胃腸內科的主要區別。