實際在醫學上沒有扁桃體結石這個說法，其不是真正的結石，是扁桃體隱窩內各種分泌物的綜合體。扁桃體不是光溜溜的圓球，會有很多隱窩，在黏膜的表面有很多小坑，小坑有深有淺，被稱為扁桃體隱窩。隱窩內有時會藏匿脫落的上皮、食物的殘渣、細菌、感染時形成的膿性分泌物、膿細胞等物質混合在一起形成。因為有感染的膿細胞，所以味道比較難聞，在隱窩內可能會長期存在，說話、吞咽時肌肉收縮，有時分泌物就會從隱窩內排出。