肛瘺術后創面愈合后通常排便、排尿正常，排便時可以控制大便，無肛門失禁、肛門狹窄，肛門無任何主觀不適，患者自己判斷是否愈合可以根據以上感覺進行。專業判斷需要專業醫生進行系統檢查后才能做出判斷，通常肛瘺傷口如果不再出現感染和破潰等于疾病徹底愈合。無任何癥狀包括無滲出、瘙癢、局部無紅腫。需要進行肛門指診檢查，指診肛門括約功能無明顯受損、創面較平整、無明顯壓痛、無明顯凹陷，則肛瘺愈合。 肛瘺手術傷口恢復較為緩慢，大手術如復雜肛瘺至少需要1-2個月，因為傷口從內部往外使肉芽填充上皮爬行，同時要求引流通暢緩慢愈合。部分人愈合較差會形成假性愈合，此時需要及時應用中藥坐浴，及時就醫復查。