肛瘺基本無法自愈，只能手術治療。患者容易將肛瘺暫時性愈合誤認為自愈，實際上后續依然會反復發作。患者不要抱有僥幸心理，肛瘺無法自愈，只能經過手術治療，且越早治療越好。如果是單純的低位肛瘺，反反復復發作、發炎，容易導致瘺管特別多，支管特別多，位置越來越高。開始可能只涉及小部分括約肌，后來所有括約肌環都會涉及，從而形成高位肛瘺，導致治療困難。 綜上所述，建議肛瘺患者在早期較輕、較初期時及早進行治療，因為高位復雜性肛瘺治療起來非常困難，而且術后對于肛門功能的損傷較大。