早上睡醒后感覺腰疼和肩膀疼的常見原因如下：1、睡覺時狀態不良：部分患者喜歡睡軟床，同時喜歡露著肩膀睡覺，尤其使躺在比較軟的床上時，腰椎處于非生理曲度狀態，會導致局部肌肉、韌帶、腰椎關節處于高張力狀態，局部疲勞沒有得到有效緩解，反而加重局部組織張力，造成繼發性損傷，出現腰疼的癥狀。肩膀如果受涼或長時間維持一個睡姿，壓到局部肩膀，肩膀的肌肉、軟組織在壓力或寒冷刺激下，可誘發局部的炎癥反應或造成局部疼痛，早上起床時感覺疼痛的癥狀特別明顯；2、有基礎疾病：如果本身患有基礎疾病，如肩周炎或腰肌勞損，休息時沒有得到有效緩解，在起床活動時便會誘發疼痛。此類情況可能與患者長時間的工作習慣或休息習慣不良有關，建議患者改良不良坐姿，多進行腰背部的伸展運動、局部理療、注意保暖、戒煙、戒酒，清淡飲食應該多吃蔬菜和水果，可使癥狀得到緩解。