在臨床上，原發性高血壓需要鑒別診斷的疾病主要是繼發性高血壓。繼發性高血壓同樣以血壓升高作為臨床表現，但發病機制與原發性高血壓不同。原發性高血壓機制較為復雜，與遺傳、環境等多種因素有關。而繼發性高血壓的發生，多是在疾病基礎上引發的血壓波動。常見的疾病，包括內分泌疾病中的甲狀腺功能亢進、原發性醛固酮增多癥、嗜鉻細胞瘤。還有腎臟疾病中各種類型的慢性腎小球腎炎、慢性腎功能衰竭，也會導致血壓升高。像腎動脈狹窄的腎血管疾病，以及風濕免疫系統疾病中的動脈炎或主動脈疾病，均是導致繼發性高血壓的常見因素。在與原發性高血壓進行鑒別時，繼發性高血壓的發病年齡多出現在年輕人群或者青少年。除了與繼發性高血壓相鑒別之外，由于原發性高血壓通常出現頭暈、頭痛等癥狀，如果從癥狀入手進行鑒別，需要與腦血管病進行相關的鑒別診斷。