經皮腎鏡取石手術，通常在麻醉下進行，患者到手術室之后進行全身麻醉、半身麻醉即椎管內麻醉或局部麻醉。麻醉后讓患者保持翻身俯臥或斜仰臥位，在B超或X線引導下獲取皮膚到結石較順暢的路徑后，在皮膚切開1cm左右切口，通過穿刺針穿刺至結石附近腎盞內，穿刺成功后再通過導絲引導逐級擴張，建立直徑幾毫米的工作通道即可。通過穿刺進皮膚通道，直接穿刺進入腎臟，再通過內窺鏡明確結石部位，通過激光或其他能量方式將結石打碎，對于較大結石碎塊，可以通過通道取出。結石碎凈后再通過直視下留置輸尿管內支支架以及腎造瘺管縫合傷口，即可完成手術操作。