腸道菌群失調主要需服用益生菌，腸道本身存在有益細菌，也有不屬于腸道應存在的菌種，如地衣芽孢桿菌等外源性菌種。通過益生菌可以直接補充益生菌、幫助扶持其他有益菌生長、抑制有害菌生長。益生菌量越大、種類越多，效果相對越理想，腸道菌失調主要通過益生菌，改善微生態環境。同時，除益生菌外還可以選擇酸奶，屬于發酵奶，可以幫助改變腸道微環境，通常制作會直接添加益生菌成分，常見乳酸桿菌、雙歧桿菌制劑。通過補充微生態制劑，可以幫助調節腸道菌群，改善腸道菌群穩態，對于便秘、腹瀉等疾病具有治療作用。