腸道菌群失調恢復時間因人而異，對于年輕人出現腸道菌群失調較少見，若出現炎癥性腸病，易出現腸道菌群失調，此時加用益生菌，如雙歧桿菌或地衣芽孢桿菌等，腸道菌群失調可能較快恢復。老年人出現腸道菌群失調，常由于服用抗生素導致，包括治療肺部感染或泌尿系感染的抗生素，均可引起腸道菌群失調。如果輕度腸道菌群失調，給予益生菌可較快緩解，但部分人可能出現偽膜性腸炎，甚至有黏液血便，通常需要治療2-3周。部分患者可能出現頑固性偽膜性腸炎，序貫治療可能需要數月時間。對于老年人，甚至合并其他基礎疾病的患者，可能需要較長時間進行治療，恢復時間比較長。