阿米巴感染普通型起病比較緩慢，可伴有腹部不適、大便稀薄，有時會出現腹瀉或便秘，腹瀉時大便略有膿血，以及一些痢疾樣表現。如果病變發展，痢疾樣大便可增至每天10-15次甚至更多，還會伴有里急后重、腹痛加劇和腹脹，回盲腸、橫結腸，尤其是直腸部位可出現壓痛，有時類似潰瘍病和闌尾炎，全身癥狀相對比較輕微。與細菌性痢疾截然不同，糞便中可有少量或大量滋養體，大便伴有腐敗的腥臭味。阿米巴病變部位分布，依次為盲腸、升結腸、肛門、直腸，還有闌尾以及回腸下段。滋養體可進入門脈血流在肝內形成膿腫，并且以栓子形式流入肺臟、腦、脾臟等組織和器官形成膿腫。阿米巴肝膿腫癥狀出現，通常在腸阿米巴數月或數年甚至數十年后，起病比較緩慢，以長期不規則發熱及夜間盜汗等消耗癥狀為主，在發病前1周到數年內，會伴有反復腹瀉的病史。