細菌性肝膿腫和阿米巴肝膿腫的鑒別方法如下：1、細菌肝膿腫：一般細菌性肝膿腫臨床癥狀比較重，患者會出現高熱、肝區疼痛，有明顯的誘因，比如腸道感染或者膽系感染，或者身體其他部位細菌性感染，然后細菌順著腸道或者膽道進入肝臟，引起肝臟感染，所以一般是有原發灶，發熱比較明顯，肝區疼痛比較明顯，大多數患者可以伴有寒戰、肝區疼痛。另外，可以通過影像學檢查，如超聲或者CT來判斷是不是細菌性的肝膿腫；2、阿米巴肝膿腫：一般臨床癥狀比較輕，患者通常是低熱，而且通常是有阿米巴腸病的基礎，就是以阿米巴痢疾、阿米巴腸道感染為基礎。患者可以長期腹瀉，呈果醬樣大便，主要鑒別診斷的方法是通過在大便里面發現阿米巴滋養體。