幽門螺桿菌陽性目前指南中只要患者要求根除都主張根除，還有一些情況是醫生建議根除，比如發現有幽門螺桿菌感染，同時有萎縮性胃炎、消化性潰瘍，甚至消化道惡性腫瘤、胃癌，都建議要將其根除；還有十二指腸有炎癥的患者，即使沒有發展到潰瘍的程度，也是積極根除幽門螺桿菌。 根除方案可以選擇兩種抗生素，加一種膠體果膠鉍和一種質子泵抑制劑，稱為四聯療法。療程根據吹氣結果決定，即越嚴重療程會越長，其與醫生的習慣、經驗總結有一定關系。在中醫院除了用規范的藥物治療以外，可能會配合以中藥治療。因為經驗總結顯示，用對癥的中成藥或中藥，其中包括蒲公英等藥物，對幽門螺桿菌有輔助殺滅的功效。