如果確定有幽門螺桿菌感染，而又不存在相對抗衡的因素，也不存在根除治療的禁忌證，臨床推薦應該進行根除治療。根除治療最強的適應證，如果是消化性潰瘍病的患者胃里有潰瘍，哪怕是既往潰瘍，是陳舊性潰瘍，也需要進行幽門螺桿菌根除。胃黏膜相關的淋巴瘤在早期單純進行幽門螺桿菌根除以后，病人淋巴瘤的病理變化就可以完全逆轉，所以也是幽門螺桿菌根除的絕對適應證。對淋巴瘤的治療，甚至根除幽門螺桿菌以后都不需要進行化療。 此外，還有很多需要進行幽門螺桿菌治療，病人會有明顯獲益。如胃里有明顯糜爛，有胃黏膜萎縮，服用非甾體抗炎藥的病人，或由于長期燒心、反酸，不能停用強制酸藥，如奧美拉唑、雷貝拉唑等藥物的病人。還有如胃腸道外不明原因的貧血，如血小板減少性紫癜的病人，也都推薦進行治療。還有消化不良的病人，基于癥狀，幽門螺桿菌根除以后癥狀也可以達到長期緩解，也應該進行治療。對于有胃癌高危因素或早期胃癌，或已經因為胃癌進行手術治療以后，仍然有幽門螺桿菌感染的病人，都應該基于預防胃癌再發，進行幽門螺桿菌的根除治療。