膽囊結石長在膽囊內部，會造成慢性膽囊炎癥，表現為上腹部脹痛、厭油、消化不良等，通常不會影響肝功能。如果患者是膽囊結石伴急性膽囊炎或者亞急性膽囊炎，甚至膽囊壁增厚、膽囊壁水腫，則會影響患者肝功能。此時給予控制感染，對癥治療，肝功能很快會恢復。 如果膽囊結石在膽囊壺腹部造成壓迫，壓迫膽總管，甚至膽總管和膽囊管之間出現內瘺，或者膽囊結石脫落到膽總管內形成膽總管梗阻，也會影響到肝功能，患者需要等肝功能改善之后進一步治療。膽囊結石掉落過程中形成膽總管結石，會誘發胰腺炎，通常不會引起肝功能異常。除非在這一區域堵牢，患者出現黃疸、發燒或感染嚴重時，肝功能會出現異常。