通常的扁桃體結石不需要規律地進行清理，如果有癥狀需要對于大的扁桃體結石進行清理。扁桃體結石是由于扁桃體隱窩慢性炎癥，導致隱窩口狹窄。病人隱窩內有食物殘渣、細菌脫落上皮以及黏液等形成了顆粒，長期鈣化，形成扁桃體結石。通常扁桃體結石沒有癥狀，但有部分病人由于扁桃體結石長大，引起異物感、口臭等癥狀。如果能夠看到比較大的扁桃體結石，可以用棉簽或者鑷子將扁桃體結石取出來。同時要給予含片、漱口水以及治療咽喉炎的中成藥進行治療。通常扁桃體上的炎癥控制以后，隱窩孔敞開，隱窩內的食物殘渣等可以通過漱口或者喝水等進行排出。對于扁桃體慢性炎癥控制不好，反復多量的扁桃體結石，癥狀也比較重，包括異物感、口臭感都比較重，通常需要行扁桃體切除手術。