慢性結腸炎的治療首先要積極治療病因，慢性結腸炎病因比較復雜，常見的有非特異性結腸炎，如腸易激綜合征、炎癥性腸病、腸菌失調、小腸吸收不良。目前認為與感染、免疫、遺傳、環境、食物過敏、腸黏膜防御功能障礙及精神因素有關。 慢性結腸炎病程長，病情綿延不斷，反復發作，狹義指的是潰瘍性結腸炎。要防止進食過冷、過熱、辛辣食物，防止冰鎮食品，避免奶制品、海鮮、牛肉，要少渣飲食。藥物的選擇要依據病情輕重和病變部位而異，一般首選水楊酸制劑。水楊酸制劑含有柳氮磺胺吡啶，簡稱SASP，還有各種類型的5-氨基水楊酸制劑，簡稱5ASA。5-氨基水楊酸制劑根據釋放部位和機制不同，有前體藥物，含有奧沙拉嗪、巴柳氮和美沙拉嗪，這三種藥用于治療和維持治療。 皮質激素主要用于中重度結腸炎或水楊酸制劑治療效果不好的這類患者。免疫抑制劑主要用于激素無效和依賴或不能耐受上述藥物治療的患者。這類藥物有硫唑嘌呤、6-巰基嘌呤、環孢素A等，生物制劑有英夫利西、阿達木單抗，是這幾年用于治療中重度潰瘍性結腸炎起到良好療效的藥物。但這類藥物有嚴重感染的風險，用藥期間要嚴密監測，手術治療。對于內科治療效果不佳，出現嚴重并發癥的患者，要考慮及早手術治療。