扁桃腺發炎的藥物治療需要先判斷是急性扁桃體炎，還是慢性扁桃體炎。其中急性扁桃體炎可分為急性化膿性扁桃體炎，以及急性非化膿性扁桃體炎。具體如下：1、急性化膿性扁桃體炎：此時一般會有明顯咽痛，扁桃體會有膿點、紅腫以及有可能會發燒，多考慮是細菌感染導致，如鏈球菌。此時可以考慮使用抗生素，如阿莫西林口服，一般連續治療10天，可以達到有效治愈和預防復發的目的；2、慢性扁桃體炎：通常表現為咽喉的異物感、堵塞感以及燒灼感，扁桃體可以有慢性充血、腫大的情況，有可能和重度的煙、酒刺激接觸有關系，還有可能和胃酸、胃液的反流刺激有關系，即反流性咽喉炎的相關癥狀。很多反流性咽喉炎的患者沒有胃酸反流的自我感覺，所以導致胃酸反流的因素得不到及時、有效的認識和治療，導致反流性咽喉炎相關的慢性扁桃體炎癥容易持續存在，而遲遲得不到緩解。必要時需要用抑制胃酸的藥治療，才會取得好的療效。