對于特異性體質的孩子可能會出現奶粉過敏，孩子對奶粉中大分子蛋白質吸收不好引起過敏反應。過敏可以是皮膚過敏、反復出現濕疹、也可以表現為消化道癥狀，出現間斷腹瀉，大便有黏液、血絲。對于這類孩子可以更換抗過敏奶粉，過敏比較明顯的孩子可以換抗過敏奶粉，飲用深度水解奶粉或者氨基酸奶粉。 吃母乳的孩子也會出現過敏，母親盡量規避飲食，減少魚蝦等異性蛋白攝入，盡量避免熱帶水果、堅果等常見過敏原的攝入，減少孩子過敏傾向。隨著孩子年齡長大，消化吸收能力逐漸好轉，過敏傾向會減輕，這時逐漸使用普通奶粉。從氨基酸奶粉換深度水解奶粉或者部分水解奶粉，嘗試可以逐漸恢復到全蛋白奶粉。