無痛腸鏡檢查對身體損傷總體來說可控，絕大多數情況下比較安全，不用擔心無痛腸鏡對身體是否有嚴重影響。無痛腸鏡的危害一方面是需要靜脈全麻，另一方面是腸鏡檢查可能對腸道造成機械性損害，比如擦傷。另外可能造成腸道穿孔，即急腹癥狀態，腸道內容物會從腸道泄漏到腹腔內，引起嚴重不適，出現劇烈腹痛，需要處理穿孔。目前處理穿孔是在腸鏡下對穿孔進行修補，即用鈦夾把腸道穿孔夾閉。另外是剖腹手術，現在可以采用腹腔鏡下對穿孔部位進行修補，是對腸鏡引起的嚴重并發癥的處理方式。腸鏡檢查過程中可能需要對發現的腫物進行手術處理，可能在接觸腫物時造成出血，有急性出血或者繼發性出血，需要相應的處理措施。無痛腸鏡需要通過麻醉進行，靜脈全麻絕大多數安全，可能個別病人對麻醉藥不耐受，產生嚴重不良反應，但是極少見，絕大多數情況下比較安全。