梗阻性肥厚型心肌病是青少年和運動員猝死的主要原因，且可以引起心力衰竭，需及時處理，治療分為藥物治療和非藥物治療兩個方面。 藥物治療，最常見的一線藥物為β受體阻滯劑，如倍他樂克、比索洛爾、普萘洛爾等藥物。此外，還有非二氫吡啶類鈣離子拮抗劑包括地爾硫卓、維拉帕米等藥物，均具有弛緩肥厚心肌病、減輕梗阻、減少猝死發生的作用。 由于β受體阻滯劑和非二氫吡啶類鈣離子拮抗劑均可減慢心率、降低心肌收縮力、降低血壓，所以這兩種藥通常不會同時應用，但是臨床醫生會根據具體患者的情況，有時可合用。 雙異丙吡胺可以起到控制肥厚型心肌病的作用，但副作用較多。如果患者已經發生心力衰竭，需針對心力衰竭進行藥物治療。發生心律失常，如心房顫動，需給予針對心房顫動的藥物治療。 非藥物治療最多見的是手術治療和介入治療。其中介入治療是近幾年發展得非常快的手段，可將肥厚部分心肌供血血管堵住，人為造成局部心肌梗死，使此部分心肌壞死掉，心肌會變薄，梗阻變輕。外科手術治療思路相同，將肥厚梗阻的部分心肌切掉一部分可以減輕梗阻和肥厚。