梗阻性心肌病的治療分為內科治療和外科治療，內科治療又分為藥物治療和介入治療。藥物治療以β受體阻滯劑為主，可減少心肌收縮力，避免梗阻。藥物治療效果不佳時，可考慮內科介入治療。內科介入治療又分為射頻消融和無水酒精局部注入，使局部肥厚梗阻的心肌萎縮，創傷很小。 如果通過以上方法治療后，患者心臟梗阻壓差仍然大于50mmHg，則考慮進行心臟外科手術，將肥厚梗阻的心肌切除。但是手術風險較大，不到萬不得已，不建議手術治療。