梗阻性肥厚型心肌病的臨床癥狀與患者梗阻程度密切相關。輕微梗阻患者癥狀不明顯，患者可能有勞力性呼吸困難、乏力，運動后氣短。隨著梗阻加重，患者癥狀會逐漸加重，會出現類似心力衰竭的表現。此外，部分患者有胸痛，約有1/3患者在運動時會胸痛，與心絞痛癥狀相似。 心肌肥厚會消耗掉更多氧氣，隨著運動加強對氧氣的需求逐漸增高，而冠狀動脈無法供應足夠氧氣，造成患者胸痛。部分患者出現心律失常，主要是心房顫動、各種早搏。 嚴重情況會出現運動時發生暈厥，運動過程中患者突然意識不清，短時間內又恢復過來，進一步可發展為猝死，梗阻性肥厚型心肌病是青少年和運動員發生猝死的主要原因。