鰓裂囊腫必須要治療，因為該病屬于先天性畸形。患兒出生后會在胸鎖乳突肌向頸前位置出現漏口，不停向外分泌液體。如果發生感染，進而形成巨大的膿腫，患兒較痛苦。如果膿腫已經形成才到醫院就診，需要做切排手術，患兒切排時會較痛苦。另外，在做根治手術時，做過切排的患兒刀疤會比沒做過切排的患兒大2-3倍。 因為囊腫內部瘺管結構被破壞，可能導致手術時間長。解剖層次不清楚會導致手術范圍較大，切口感染的風險、復發的風險也較大。沒有感染的患兒，建議在1-2歲后到醫院咨詢，盡量在沒有感染時做手術。