鰓裂囊腫屬于先天性畸形，第一鰓裂囊腫、第二鰓裂囊腫、第三鰓裂囊腫以及第四鰓裂囊腫的發病部位有所區別，患者需要到耳鼻喉科就診，有時在小兒外科也可以對患者進行手術。所以需根據患者鰓裂囊腫發病的部位、病變范圍及病變類型，決定就診的科室。第四鰓裂囊腫位置較低，位于胸骨下、食管旁，此時需要與胸外科合作完成手術。第一鰓裂囊腫可能會發展到耳朵，位置較高，較常見發生于頸部、頜下以及下頸中下部。此外，部分患者的第一鰓裂囊腫會發展到外耳道內，表現為耳朵長期流膿，常被誤認為中耳炎。所以此類患者需要及時到醫院耳鼻喉科就診，醫生會根據病史以及具體情況做出明確診斷。