如果鰓裂囊腫較大，影響患者的美觀以及功能，則需要進行手術治療。鰓裂囊腫分為第一鰓裂與第二鰓裂，大多數患者會長在頸部，比較影響美觀，部分患者囊腫較大，可能會壓迫頸部的血管，同時可能影響患者的功能。部分患者鰓裂囊腫并發感染后，導致頸部紅、腫、熱、痛等，建議患者盡早到正規醫院的口腔科或者口腔醫院的口腔頜面外科，找專業的口腔頜面外科醫生進行檢查。根據鰓裂囊腫的大小、范圍，以及與周圍重要血管、神經的關系，進行評估，并進行手術前的準備，從而以最小的手術創傷將鰓裂囊腫完整摘除，則可以將此問題得以較好的解決。