腦干缺血的最佳治療方法為根據缺血的原因治療，具體治療方式如下：1、控制病因：如血壓、血糖、血脂，同時給予抗血小板聚集的藥物，如阿司匹林、氯吡格雷改善血液循環、改善癥狀，以及應用穩定斑塊和化栓的藥物，如阿托伐他汀；2、調整不良習慣：如戒煙、戒酒等；3、適當鍛煉：一般以有氧運動為主，如快走、慢跑、游泳可以改善血液循環；4、注意飲食：一般以低脂、低糖、低鹽、優質蛋白質飲食為主，如進食魚、蝦、蟹，保證大腦供血，改善腦功能，改善癥狀。