確診腹腔結核最直接的金標準是做腹腔組織活檢。常規采取腹腔鏡取相應的組織進行病理活檢，如果病理組織中找到結核分枝桿菌或者有典型的干酪樣肉芽腫，就可以確認其是腹腔結核。 臨床上確診腹腔結核相對較為困難，因為腹腔結核的患者主要是存在腹腔積液，積液中的結核桿菌較為少見，難以尋找，單純腹腔結核病人接受腹腔鏡治療的比例液較低。所以腹腔結核的病人大部分都是臨床診斷結合抽血檢測、腹腔積液相關檢測，綜合分析進行診斷。