黃連素可以空腹服用，黃連素的服用時間沒有特別的要求，餐后和空腹都可以服用。黃連素屬于西藥，屬于提取物，用于治療腸道濕熱導致的腹痛、腹瀉、黏液便等，具有清理濕熱的作用。這類病人通常舌頭偏紅，舌苔發黃或者黃膩，服用黃連素可以有明確的療效。通常認為黃連素用于治療有細菌感染的急性胃腸炎，但實際上其他類型的急性胃腸炎，只要符合腸道濕熱，應用黃連素也有明顯的效果。中醫在治療濕熱型泄瀉的病人時會選擇大黃、黃芪、黃連等清熱利濕的藥物，療效比較好。黃連素老少皆宜，小朋友也可以吃，對胃腸的刺激比較小，可以空腹或者餐后服用。另外也可以根據自身的反應決定服用時間，如果空腹服用后有胃脘部的不適癥狀，改為餐后服用即可，沒有特別地限制。