直腸位于距肛門大概15cm的腸管，位置較低，肛門指檢作為一種重要的檢查方法，可以檢查出大部分直腸癌。因為直腸癌大部分發生在直腸中下段，基本上在手指可及范圍之內，但直腸檢查需要有經驗的醫師進行。在直腸里女性一般可以摸到子宮頸，男性可以摸到前列腺，有時沒有經驗的醫生可能會將子宮頸或前列腺誤診為直腸腫物，但也可能有小的直腸腫物在指診時沒有被發現。另外，男性肛管較長，由于手指長度大概為10cm，男性肛管長度可能為5cm，這時肛門指診因肛管而摸不到更多直腸，易造成直腸中段或上段的直腸腫瘤漏診。直腸癌最好的檢查方法是直腸鏡或者結腸鏡檢查，尤其是結腸鏡檢查，通過放大作用可發現腸道微小病變，所以懷疑結腸腫瘤或直腸腫瘤時，結腸鏡檢查或直腸鏡檢查較重要。