很多的患者到肛腸科做檢查的時候，首先醫生都會做肛門指診的檢查。指診的檢查非常有必要，就是用醫生的右手食指，以觸摸的方式來檢查肛門緣外邊和肛門內7cm左右范圍內的陽性體征。指診會戴著手套，先涂潤滑劑，因此一般不會引起肛門過度的不適。醫生在觸摸肛緣外時，可排除增生、硬結、瘺管、炎性腫塊、包塊等。在進行肛內檢查時，可檢查肛門括約肌狀態、痔核位置等。肛門指診可以簡單排查惡性腫瘤，比如檢查直腸癌的包塊等。