肛門指檢和肛門鏡檢是肛腸科醫生最常用，也是最簡便的兩種檢查手段，可以在病人同一就診過程中實施。肛門指檢是醫生借助手指從肛門進入直腸，主要是觸摸直腸中下段以及肛管，通過手指觸覺對肛門直腸內部以及周邊病變或組織狀態進行檢查，其主要檢查就是肛管直腸里有沒有新生腫物、同時有沒有黏膜松弛、肛門括約肌的張力狀態、以及齒線區有沒有飽滿搏動感及壓痛這類跟炎癥疾病的相關體征。 肛門鏡檢是醫生要借助塑料類似擴張器的器具把肛門撐開讓可以醫生直視下去，觀察到直腸末段包括齒線附近的內痔部分黏膜。肛門鏡主要觀察黏膜情況，其觀察黏膜色澤、血管叢分布情況，以及有沒有潰瘍、膿點，有沒有缺血的表現。 如果到了肛門口附近就要觀察，針對有內痔的病人，觀察內痔的分布情況、充血、肥大、增生程度以及痔核分布情況等。選擇病人的治療方法主要就是肛門指檢和肛門鏡檢，它們互相配合來達到最直觀、最簡單的對肛門以及直腸周圍的組織結構，起到初步認識、判斷檢查的手段。