魚肝油不適合對魚肝油過敏的人群服用，另外高鈣血癥、高磷血癥伴有腎性佝僂病、腎功能不佳、慢性腎衰的患者也不適合服用。在兒童時期，魚肝油作為預防和治療佝僂病的藥物，原來最早是應用于兒童。但近些年發現魚肝油中維生素A含量較高，正常服用會造成部分兒童維生素A中毒的可能，所以目前兒童不常規服用魚肝油。目前替代藥物為人工制作的維生素D3制劑或維生素AD制劑，來補充維生素D以預防佝僂病。大量服用魚肝油除引起維生素A中毒外，也可以造成維生素D中毒，因為維生素A和維生素D屬于脂溶性維生素，特點是服用過多后可在身體內蓄積，蓄積到一定程度時可出現中毒癥狀。