會厭囊腫手術是中等手術，極少留下后遺癥。可能短期有咽干不適，但是恢復休養一段時間，癥狀均可以消失。 手術切除咽喉部發現的黏液腺潴留囊腫后，可會較大類似潰瘍的創面。創面會有假膜生長，脫落后正常黏膜會移行到創面，形成正常的黏膜，1-2周假膜脫落并愈合。 做完手術1個月之內，因為黏膜比較脆弱，要注意不能吃太硬和太熱的食物，比如油條、麻花之類，可能會損傷創面，1個月后就可以正常飲食。