會厭囊腫手術屬于耳鼻喉科較為常規手術，總體而言手術風險較小，術后可能會出現咽部不適感、輕微咽痛、會厭囊腫復發可能。由于會厭位置較為表淺，手術中通過支撐喉鏡，經過口腔插人到會厭表面，使會厭囊腫充分暴露，可以選擇剪刀進行切除，之后電凝止血即可。部分患者也可選擇等離子射頻消融，切除會厭囊腫。通常需要考慮的風險是患者本身是否有基礎疾病，如果患者本身較為肥胖、頸部較短，插入喉鏡時頸部處于過伸狀態，可能會存在插管困難，易在手術中損傷口腔黏膜。此外，由于需要在全麻下進行，如果患者本身有高血壓、心臟病等疾病，麻醉風險會有所增加，需進行充分術前評估，明確患者是否能夠耐受全麻手術。