會厭囊腫手術的后遺癥較為少見，會厭囊腫手術的患者在術后可能會存在囊腫復發。會厭囊腫指黏液腺腺口被堵住，黏液不停分泌而形成囊腫。通過手術可將囊腫切除，但旁邊的黏液腺可能存在炎癥而重新形成囊腫。此外，患者會出現咽部異物感。因為會厭是黏膜覆蓋的小軟骨，而會厭囊腫發生在黏液腺上，且手術中需進行止血，下方黏膜缺失后需對創面進行上皮化，新形成的黏膜與原有黏膜有所不同，所以患者通常會出現咽部異物感。若會厭囊腫手術后創面較大，建議患者進食1-2周的半流質及軟食。由于目前采用低溫等離子射頻手術的方法較為普遍，所以手術后患者的疼痛感較輕。患者在2周后復診時，創面表面的白膜通常已經脫落，1個月后即可觀察到完整的上皮化創面，并且創面已經變得較為干凈、光滑。