高血壓本身也會引起心室肥厚，但是高血壓引起的心室肥厚是室間隔與左室后壁對稱性肥厚，而肥厚梗阻心肌病是室間隔與左室后壁非對稱性肥厚。 高血壓伴有肥厚型心肌病，藥物治療主要以緩解癥狀為主，除常規使用降壓藥物控制血壓外，還需使用其它藥物，如β受體阻滯劑和非二氫吡啶類鈣通道阻滯劑，β受體阻滯劑主要是控制心室率、降低心肌收縮力、降低心肌耗氧，從而減少心率，減輕流出道梗阻，非二氫吡啶類鈣通道阻滯劑可以降低心率、降低心肌耗氧量，也可以降低心肌收縮力，從而改善舒張功能。 除β受體阻滯劑與非二氫吡啶類鈣通道阻滯劑外，高血壓伴有肥厚型心肌病患者也進行室間隔化學消融治療。