根據體內不同的抗神經元抗體和相應的臨床綜合征可以將自身免疫性腦炎分為三種主要類型：抗NMDA受體腦炎、邊緣性腦炎、其他自身免疫性腦炎綜合征。具體癥狀如下： 1、抗NMDA受體腦炎的臨床表現是發熱、頭痛等前驅癥狀，偶爾可發生于單純皰疹病毒腦炎等病毒感染之后，主要癥狀包括精神行為異常、認知障礙、近事記憶力下降、癲癇發作、言語障礙、運動障礙、不自主運動、意識水平下降與昏迷等；自主神經功能障礙也可以出現以抗NMDA受體腦炎癥狀最為多種多樣，有些患者以單一的神經或者精神癥狀起病，甚至被誤診為精神分裂癥，在起病數周甚至數月之后才進展出現其他癥狀；不自主運動在抗NMDA受體腦炎中比較常見，也可以非常劇烈，包括口面部的不自主運動、肢體的、舞蹈樣動作，甚至角弓反張等；自主神經功能障礙包括竇性心動過速、心動過緩、低血壓、中樞性發熱、體溫過低和中樞性低通氣等； 2、其他癥狀包括睡眠障礙，自身免疫性腦炎的患可以有各種形式的睡眠障礙，包括失眠、日間過度睡眠、嗜睡，出現局灶性損害。腦炎可以累及腦干、小腦，出現復視、共濟失調，肢體癱瘓等。其還可以出現周圍神經和神經肌肉接頭受累，出現神經性肌強直、肌無力綜合征等。