大多數情況下，嬰兒服用腦蛋白水解物并沒有副作用。但由于腦蛋白水解物是從豬的腦蛋白中提取的一種肽制劑，屬于異種蛋白，可能會導致少數孩子出現不良反應，具體如下：1、興奮性癥狀：例如易激惹、哭鬧加重、入睡困難等臨床癥狀；2、全身癥狀：如血壓異常、震顫、表情淡漠；3、胃腸道癥狀：可能會出現惡心、嘔吐、腹痛、腹脹、腹瀉等不良反應；4、皮膚異常癥狀：如皮膚的灼燒感或皮膚瘙癢，或出現過敏性皮炎、蕁麻疹等癥狀；5、發熱癥狀：此外如果是注射腦蛋白水解物，在注射過程中少數孩子可能會出現發熱等臨床不適癥狀。