巴氏腺囊腫可以選擇手術治療，經過手術治療，可以將巴氏腺囊腫進行開窗引流，開窗引流之后，能夠讓巴氏腺囊腫的炎癥逐漸消退，將會大大減少復發的機會。當然，只要巴氏腺還是存在，沒有徹底地切除，未來如果衛生條件欠佳，不注重個人衛生護理，依然還是有可能會發生巴氏腺囊腫，甚至發生巴氏腺膿腫。實際上，巴氏腺處于女性外生殖器陰道前庭位置，在女性的小陰唇和處女膜后緣的根部交界處，在這個位置有一個巴氏腺的開口。正常情況下，巴氏腺具有著一定的分泌功能，可以分泌一些液體，在性生活時起到潤滑作用。正是因為巴氏腺能夠分泌液體，能夠在性生活時減少不適感，因此，大多數的情況下，發生巴氏腺囊腫的時候，并不會直接將巴氏腺進行切除，而會選擇進行巴氏腺囊腫的開窗引流手術。大多數的情況下，通過開窗引流將巴氏腺囊腫內部的液體放出，巴氏腺能夠逐漸地恢復到原來的解剖結構，并不會反復發作。